まずフレーム内によるリンクです。トップページにリンクしてもらっていても、フレームに囲まれていれば、それは別のページを読みだしているので、トップページからのリンクとはなりません。
その別ページ自体の被リンクが少なければ、いくらトップページのページランクが６でも７でも関係ありません。確認方法としては、ソース（右クリック→ソースの表示）で自分のURLがきちんと記述されているかどうかです。
次にまったく意味のない被リンクの例ですが、リンク時にrel="nofollow"が使われている場合です。このタグがあれば、検索エンジンのロボットはクロール、インデックスしませんので注意してください。
これは、ブログの「コメント」、「トラックバック」に使われることが多いです。この「SEO対策アクセスアップの扉」にもコメント、トラックバック時にはrel="nofollow"が使われています。
これは、スパムが横行した為で、もし被リンクを獲得するためにこれらをするのであれば、rel="nofollow"が使われていないブログにするほうが効果的です。
とりあえず相互リンクするときには、フレーム内にリンクされていないか、rel="nofollow"が使われていないかを確認した方がいいです。
もし、されていれば、そのサイトとの相互リンクは見直したほうがいいと思います。
