ライバルサイトとの違いが内部にも外部にも見当たらない場合は、もしかするとリンクの歴史が大きく影響しているのかもしれません。
ライバルサイトよりもHTMLが綺麗で、構成もSEOを意識したもので、ページ数が多くて、被リンク数が多いのに、ライバルサイトよりも上位に行けない時などがそれに当たるのではないでしょうか。
トップページ相互リンクしまくりのサイトが1位だったとします。こちらも負けじと、そのサイトよりも相互リンクを増やしたのに上位に行けない場合、原因は一つしかありません。
1位のサイトはこつこつと何年もかけてじっくりと被リンクを増やしたのに対し、急激にリンクを増やしすぎたのです。
ドメイン取得後は普通、すぐに1000も2000も被リンクはもらえるものではありません。検索エンジンが、これは作為的に被リンクを増やしたのだと判断し、ペナルティを与えるのだと考えてます。
いずれにしても、YSTはまだまだ発展途上なので、YST対策の最重要はやはりヤフーカテゴリへの登録ということになりそうです。